Окруженная горами, узкая извилистая Балаклавская бухта всегда была привлекательна для поселения. Близость моря позволяла использовать блага приморской жизни, а в горах можно было укрыться от врагов.
Эти преимущества по достоинству оценили тавры, которые в 7-8 веках до н.э. заселяли берега Балаклавской бухты. Не обошли своим вниманием привлекательную своим расположение бухту и греки (которые основали Херсонес в 4 веке до н.э.), и римляне. Для греков Балаклава была важным торговым центром, а в Средние века город был под контролем Византийской Империи, а в 1365 году был захвачен Генуэзцами. Византийцы называли город Ямболи, а Генуэзцы – Чембало. В настоящее время сохранились останки Генуэзской крепости Чембало. Ее величественные руины возвышаются над Балаклавой на Восточном мысу.
В 1475 году Османская Империя завоевала город и назвала его Балик Ява (рыбный мешок). Позже в 1783, когда Крым захватила Российская Империя татары и турки оставили город, хотя в окружающих поселениях, до депортации 1944 года, в основном оставались Крымские татары.
В 1787 году Балаклаву посетила Екатерина II.
Во время Крымской войны (1854-1856) Балаклавы была тыловой базой для британских, французских и турецких войск.
В 1921 году в городе было создано сельскохозяйственное предприятие по выращиванию винограда и производству вина – «Золотая Балка».
В ходе Великой Отечественной Войны Балаклавы была самой южной точкой Советско – Германского фронта.
В 1991 году Балаклава вошла в состав независимой Украины.
В наши дни Балаклавская бухта — одна из самых удобных бухт на Чёрном море для швартовки кораблей, база подводных лодок. Она узкая (200—400 м) и глубокая (до 17 м), в ней не бывает штормов. При входе в бухту скалистый берег делает несколько поворотов, поэтому со стороны открытого моря гавань вообще не видна.
Сейчас Балаклава является популярным курортом. Туристов привлекает не только город с древней историей и большим количеством памятников, но и окрестные пляжи, куда можно добраться на катерах, и живописные скалы у мыса Айя с гротами. Скалы мыса Айя круто обрываются к морю, местами образуя грандиозные обвалы - неприступные каменные хаосы. В воде скалы обжиты многочисленными водорослями и моллюсками-фильтраторами, так что вода необыкновенно чиста и прозрачна. Горные склоны покрыты уникальными субсредиземноморскими сосново-можжевелово-земляничниковыми редколесьями. Местообитание реликтовой сосны пицундской (Станкевича) - крупнейшее в Крыму.
